合理的選擇冷庫制冷劑能大大的改善制冷系統熱力完善度，降低冷庫設備的次投資和減少日后運行電費。所以科學合理的選擇制冷對冷庫工程建造具有重要的意義   先要考慮制冷的采購成本價格，其次要考慮制冷劑的安全性，后要考慮冷庫壓縮機的壓縮比和制冷劑對環境的影響。
        根據以上4點要求，般制冷較大的大型冷庫采用氨作為制冷劑，因為氨具有制冷能力大等優點。為了安全考慮而中小型冷庫般采用氟利昂作為制冷劑。目前內生產的新型冷庫設備也有采用新型環保404作為制冷劑的。